Speciálně vycvičený bývalý člen jednotky FOXHOUND agent Solid Snake je povolán zpět do akce, aby se znovu věnoval tomu, co umí nejlépe – zabránil krizi celosvětových rozměrů. Vražedný tým odpadlíků jednotky FOXHOUND převzal kontrolu nad zařízením pro likvidaci nukleárních zbraní na aljašském ostrově Shadow Moses. V úspěšném dokončení mise se Snakeovi snaží zabránit komanda s vymytými mozky, vojsko s vylepšenou DNA a šest prvotřídních zabijáků obdařených neobyčejnými schopnostmi. Šance zastavit jadernou katastrofu je mizivá, avšak věci nemusí být takové, jakými se zdají…