V románě Muž, který rozuměl hadí řeči (2007) uvádí Kivirähk čtenáře do 13. století, do doby christianizace Estonska. Líčí tu komunitu lesních lidí, která se postupně rozpadá, neboť její členové odcházejí do vesnice, aby se tu dali pokřtít a žili jako křesťané. Nakonec zůstane poslední muž, který rozuměl hadí řeči a dovedl komunikovat s živočichy. Autor hojně čerpá z estonské mytologie, jíž je poznamenán život lesních lidí, drsný, ale svobodný. Děj románu má prudký spád, některé výjevy jsou kruté až hororové, například fanatismus pohanského kněze Ülgase. Kivirähk charakterizoval tento svůj román jako příběh jednoho vymírajícího národa a jazyka a vyslovil obavu, aby za nějakých sto let nebyl posledním mužem ten, kdo rozuměl estonské řeči.