Hlavnou postavou knihy Čierny dážď je pracovníčka vládnej organizácie Danielle Laidlawová, ktorá vedie výpravu do hlbín Amazónie v úsilí nájsť legendárne mayské mesto. Na výprave ju sprevádza renomovaný univerzitný profesor a chráni ju žoldnier Hawker. Členovia výpravy nevedia, že pred nimi už bola v tých končinách iná výprava a zmizla z povrchu zemského. Nevedia ani to, že poklad, ktorý hľadajú, nie sú len mayské artefakty, ale môže ísť o fyzikálny objav, ktorý by mohol zmeniť svet.
Skupinu sa pokúsi zlikvidovať nemilosrdný miliardár, no výhražné posolstvá im vysiela aj domorodý kmeň Chollokvanov a okrem toho ich prenasleduje skrytý nepriateľ, ktorý po sebe zanecháva roztrhané telá. Členovia skupiny sa zúfalo usilujú nájsť spojenie medzi smrteľnou realitou mayskej legendy, kmeňom nomádov a desivým tajomstvom pochovaným v starých ruinách. Nájdu práve oni dôkazy o tom, že starý mayský spis sa zakladal na pravde?
